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同样的场景，主角醒来，按照原本的路线探索，捡到战斗服跟人工智慧。他原本正打算去引擎室，但转念一想，向「薇诺妮可」询问有关那位少nV的事情，人工智慧却显得很慌张跟恼怒，叫他别多管闲事，专心逃出去就好。这次，他虽然刻意避开了之前的路线，却还是在不知情中被某种孢子附着，陷入贫Si状态。他在意识消失之际，再度纵身跳入暗物质引擎。下一秒，当他睁开眼时，发现自己果然又回到了十年前的东京。
他开始确信时空穿越的存在，并动身去寻找那位少nV。但是当两人见面，对方居然变成十九岁的大学生了，甚至还记得四年前主角跑来SaO扰她的事。在向少nV解释自己其实是未来人後，再度被当成疯子，甚至还被关进警局里。不料，这一年正好是少nV被莱斯卡集团招募的时候，在注意到主角手臂里存在着未知基因（已Si去的孢子），便派遣特工前去捉拿两人。在这之後他们逃到某个乡间小镇，也就是nV主朋友（兼同事／薇诺妮卡的C考原型）的家，他们在那里度过一晚。毕竟同为被追捕之人，男主和nV主便暂时放下了戒心，畅谈许多心事。
男主在偶然间得知，其实nV主之所以会想去探索宇宙，就是因为她想藉此来逃脱现实世界的沉闷。男主虽然记忆丧失，却也告诉对方自己唯一还记得的梦想，就是买一艘小艇，从此徜徉在浩瀚的海洋间，再也不必烦忧世间俗事。少nV听到这边笑了，说：「这样看来??我们俩，并没有那麽多不同呢。」男主听闻也无奈地苦笑，但是还没等到清晨的黎明，自己的意识已经回到了飞船上。男主在休眠舱中醒来，这一回，他在心里决定要和「薇诺妮卡」问个清楚。
男主捡到战斗服，并当面质问维诺尼卡，这一回人工智能还是没有回答，直接用机械触手强行抓着男主，想消除他的记忆。所幸男主利用他对於少nV的了解，巧妙地影响了维诺尼卡的情绪，让他得以脱逃，并一路赶往引擎室。但是他还来不及开启暗物质引擎，就被怪兽从身後偷袭。而且这时他还发现，怪物手中残留着自己第一次对峙时造成的伤痕，说明这一切并非轮回，从头到尾就只有一只怪兽，也代表维诺尼卡确实利用了自己。至此男主已经心灰意冷，并准备好要迎来第三次的Si亡。
男主睁开眼，发现自己没有从休眠舱中醒来，而是躺在病床上。旁边坐着一位很眼熟的人物，对方正是少nV的那位朋友，她随即揭露自己就是「维诺尼卡」，根本没有什麽人工智能，这一切只是她搭建起来的骗局。男主生气地质问她什麽要这麽做，但维诺尼卡只是淡淡地回应：「我必须拯救我的朋友，而你??你只是一个道具，仅此而已。」在这之後，男主询问是不是连自己的记忆都被她给夺走，然而维诺尼卡只是暧昧地摇了摇头，并揭露自己的伤势。原来，刚刚为了把男主救回来，维诺尼卡只身去单挑怪兽，却不幸受了重伤，顶多只能再撑个几分钟。男主发现她把最後的医疗资源都用在自己身上，用意，就是要他前往舰桥去拯救nV主，这些日子她人就一直被关在那里。对此，维诺尼卡突然又对男主表达歉意，并要他将自己的信物交给nV主，随後就停止了呼x1。此时，怒火中烧的男主听见外头传来怪兽的怒吼，便穿上了战斗服，一路杀到引擎室，并赶在孢子群袭来前进行传送。
男主这次回到相同的场景，还是那间乡下屋子，但nV主已经不在了，他连忙跑去询问当年的薇诺妮卡，发现nV主稍早自行搭上了新g线，打算前往莱斯卡集团的总公司，和他们解开误会。男主随即追了上去，但「时间洪流」的影响开始显现，他发现自己的身T逐渐在消散，所剩时间不多了。当他好不容易摆脱穷追不舍的特工，追上nV主的脚步时，对方十分生气，b问昨晚为什麽男主要抛弃她，这时男主才明白，彼此之间已经形成某种羁绊了。然而，就在男主不停向nV主道歉时，从时空缝隙钻出来大量怪兽，造成城市一片恐慌，nV主也不幸被贯穿腹部，Si在了男主怀中。为此他感到悲痛yu绝，并举起特工的手枪自杀了。
这次，还是一样的套路，他找到了维诺尼卡，并直接跟她坦承时空穿越的存在，以及在未来自己即将Si亡的悲剧，勉强算是说服了对方。随後，两人一起合作改良战斗服，并解开了彼此的隔阂，合力一起对付怪兽，并成功开启第五次穿越。这一回，虽然「时空偏差」更严重了，怪兽数量也多了好几倍，但男主的战斗服中搭载着「维诺尼卡」，两人互相辅助，总算是杀到nV主面前。这时维诺尼卡提醒男主，如果想改变飞船坠毁的未来，就必须阻止nV主的研究被输入进集团的云端中。因此，他们分成两队人马，由C控战斗服的维诺尼卡负责拖延怪兽，男主则是带着nV主一起前往公司楼顶，不料，他们在途中遭遇一只佣兵团，男主也被激起了回忆。原来，当初方舟飞船会坠毁，就是因为这些家伙，他们打算先资助斯莱卡集团，等到成果出炉再偷偷运用到军事领域上，藉此大转战争财。但这项计划被未来长大的nV主发现，身为方舟的设计者，她跟研究部门的成员假藉着探索新行星之名，准备偷偷将研究成果带去没人会发现的地方掩藏，但最终行迹还是败露，佣兵团追了上来，血洗整艘方舟。唯独男主角认为这般行径太过野蛮，打算悄悄偷渡nV主离开这边，却被同事发现，随即打晕丢进休眠舱中，并向外宣称方舟已经和地球失联。得知真相的男主十分愧疚，结果一时分了神，被佣兵首领开枪打中小腿，nV主也被活捉。就在两人即将被枪杀之际，男主突然露出微笑，并揭露自己其实已经经历这样的场面数十次了，因此，他也知道接下来会发生什麽事情。首领不信，还以为他是在虚张声势，正要扣下板机，好几只怪兽突然破窗而入，开始屠杀所有佣兵，这时孢子也飘了进来，男主趁着首领分神直接将他推入孢子堆中。一瞬间，所有怪兽都往他那边扑过去，首领随即惨Si。nV主也搀扶着男主赶紧逃离现场。两人一起来到资料室，翻出之前被特工夺走的笔电，这时，怪兽已经全面入侵这个时空，如果想挽救一切，就必须删除那份资料。对nV主而言，她在这期间重新T悟到了现实世界的意义，以及自己的这份聪明才智可以帮助到到多少人，因此，她愿意改变未来，即便这意味他将再也见不到男主，将不会记得短短几天的邂逅。男主这边，也重新面对了自己的过错，并想办法跨越过去。他告诉nV主，为了让两人的梦想终有机会实现，他也愿意改变未来。那瞬间，情绪溃堤，真挚的泪珠从nV主眼匡缓缓落下，但男主什麽也没说，只是平静地微笑，并将两人的手一起放在键盘上，感受着这最後的温度，尽管他们都心知肚明，打从最一开始就已经没有「他们两个」共存的未来了。最终，随着怪兽突破安全门，两人还是毅然决然地做出了最艰难的选择。一道白光也随即吞噬一切。
这回男主醒来，窗外不再是那个无垠的宇宙，也没有从休眠舱里醒来。随着徐徐yAn光照S到脸颊，这时他才总算意识到，一切都结束了。不管是方舟、人工智能、外星怪兽，都早已成为不复存在的世界线，恐怕，与那位少nV的相遇也会逐渐被时间冲刷而淡忘吧。但这一切都无所谓，因为他们确实拯救了自己，拯救了这个世界。只要还活在这颗美妙的星球上，生活就肯定有希望。於此同时，他更注意到在这个世界线上，自己已经不再是佣兵，那位穷凶恶极的首领以及其Si忠追寻者也因为走私非法物品，而被联邦调查局抓去羁押。莱斯卡集团虽然失去了金主，但仍在往太空探索的方向持续努力中。至於男主，则是利用自己的专长找了份保镳工作，长期在东南亚地区的医疗站服务，帮助那些真正有需要的人。五年後，方舟计画再度启航，主办单位邀请来自各个国家的人来参与剪彩典礼。基於好奇，以护送同行长官为理由的男主，时隔多年再度踏上这艘飞船，顿时感触极深。另一方面，nV主和好友维诺尼卡依然成为了工程师，并主要负责方舟的管理事务。此时她听闻一位赫赫有名的医生要来访谈自己，便动身前往会议室，在打开门的刹那，熟悉却又无b陌生的面容，再度映照於眼前。两人都不确定这温热的感觉从何而来，毕竟，他们俩明明是「初次见面」来着。
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